Tháng 7 năm Bính Ngọ (1786), Nguyễn Huệ với chiêu bài phù Lê diệt Trịnh đã mang quân ra Bắc Hà đánh đổ Trịnh Khải. Quyền binh khi đó ở cả trong tay Nguyễn Huệ. Vua Hiển Tông phong cho Nguyễn Huệ là Nguyên soái Phù chính Dực vận Uy quốc công, sau đó gả con gái thứ 21 là công chúa Lê Ngọc Hân cho Nguyễn Huệ. Khi đó Bắc Hà rối loạn, lòng người tản mát, vua Lê yếu hèn nhu nhược, chúa Trịnh thì đã bị đánh đổ, tạo ra khoảng trống quyền lực. Tuy nhiên, Nguyễn Huệ ra Bắc Hà lần này là lần đầu, giới sĩ phu Bắc Hà, do tư tưởng chính thống nên còn rất nghi kỵ và nhìn chung có thái độ chống đối với quân Tây Sơn. Phía nam quân Nguyễn Ánh vẫn còn quấy rối, không có Nguyễn Huệ thì không ai đảm đương được. Nguyễn Huệ thấy chưa thể củng cố được vững chắc quyền lực của mình ở Bắc Hà, nên đã quyết định không xưng đế mà để nhà Lê tiếp tục giữ ngôi vua và có quyền được tôn trọng ở tại Đàng Ngoài. Quyền phế lập ở cả trong tay Nguyễn Huệ là điều cả ông lẫn nhà Lê đều ý thức được. Hiển Tông trước khi chết dặn lại Duy Khiêm:

"Ta chỉ sớm tối sẽ trút bỏ gánh nặng, bây giờ lo lắng việc nước là ở mình cháu, cháu phải nghĩ lấy. Binh lính xứ khác còn đóng ở đây, về việc truyền nối ngôi vua là việc trọng đại, cần phải thượng lượng bàn bạc với nguyên soái (tức Nguyễn Huệ), chớ nên làm tắt".[1]

Về việc chọn người nối ngôi, Nguyễn Huệ đầu tiên tham khảo ý kiến vợ là công chúa Ngọc Hân. Công chúa Lê Ngọc Hân khen Duy Cận là người hiền, nhưng sau đó do ý kiến từ các hoàng tộc nhà Lê, Ngọc Hân xin lại với Nguyễn Huệ lập Duy Khiêm. Nguyễn Huệ đồng ý, đưa Duy Khiêm lên ngôi vua. Vua mới đổi tên là Duy Kỳ, đặt niên hiệu là Chiêu Thống. Năm đó Chiêu Thống 21 tuổi.